SampleCheck kann verwandtschaftliche Beziehungen überprüfen und die Wahrscheinlichkeit einer Vaterschaft berechnen. Likelihood Ratio und Vaterschaftswahrscheinlichkeit werden für drei Fälle berechnet:

Um die Formeln zu sehen, die für die Berechnung der LR-Werte verwendet wurden, doppel-klicken Sie auf das Allel-Muster und es öffnet sich ein Dialogfenster mit den Formeln. Die Formeln sind abhängig von der Zusammensetzung des Allel-Musters. Der Buchstabe p steht für die Häufigkeit des Allels, welches das Kind von der Mutter geerbt hat, q steht für die Häufigkeit des Allels, welches das Kind vom Vater geerbt hat, r und s sind Häufigkeiten von Allelen, die nur in den Profilen der Eltern vorkommen. Wenn das Kind homozygot ist, hat es qq. Bei den meisten Allel-Mustern ist nur q notwendig, um die Likelihood Ratio zu berechnen, nur in einigen Fällen wird auch p gebraucht.
Wenn der getestete Mann an allen Markern außer einem oder zweien als Vater in Frage kommt, nehmen wir die Möglichkeit in Betracht, dass er der Vater sein könnte, aber dass eine Mutation oder zwei aufgetreten sind. Wenn 12 oder mehr STR-Systeme für einen Vaterschafts-Test verwendet werden, können gelegentlich zwei Widersprüche auftreten, selbst wenn der Mann der Vater ist. Aber nur zwei Widersprüche können auch dann auftreten, wenn der Mann nicht der Vater ist. Deshalb ist es unerlässlich für Mutationen eine Likelihood Ratio zu berechnen. Eine Mutations-Likelihood-Ratio ist ein kleiner Wert zwischen 0 und 1. Die Formel ist abhängig von der Mutationsrate des Markers, der Häufigkeit des mutierten Alleles und dem Abstand zwischen dem ursprünglichen Allel und dem mutierten. Wenn die Mutations-Formel verwendet wird, um die Likelihood Ratio zu berechnen, steht anstelle des Allel-Musters das Wort "mutation".