SampleCheck kann die Folgen von Pipettierfehlern, Kontaminationen mit anderer DNA und Probenvertauschungen erkennen. Ein Pipettierfehler beispielsweise könnte dazu führen, dass bei verschiedenen Kunden die gleichen DNA-Profile gemessen werden. Eine Kontamination mit DNA eines Mitarbeiters könnte dazu führen, dass das Profil eines Kunden dem des Mitarbeiters gleicht. Sollte ein ensprechendes Ereignis aufgetreten sein, gibt SampleCheck eine entsprechende Fehlermeldung aus.